水质管理是一个复杂的生物工程技术，虾农养虾过程中常说“养虾有收无收在于水”、“养虾先养水”，说明有效调整水质在养虾中是很重要的，关系到养殖的成败。 何谓优质水：即藻类、菌类、浮游动物三者动态平衡，为虾提供天然饵料；透明度适中，抑制丝藻及青苔的滋生；即有利于虾防御敌害，又可避免阳光照射、便于荫蔽，提供良好的生长环境；水中溶解氧浓度高；亚硝酸、氨氮等有害物质含量低；可抑制病菌的繁殖。优质水色通常呈茶色、茶褐色；淡绿色、翠绿色；浓而不浊的浓绿色或黄绿色。

水质污染的主要因素及危害
1.氨氮 养殖水体氨氮的产生主要是由池塘残饵、肥料施用过当及养殖动物大量拍些物等造成，养殖动物接触氨后，通常会导致鳃组织发生病理变化，明显降低养殖动物的非特异性免疫功能，提高传染性疾病的易感率等，严重危害水产养殖动物正常生长。
2. 亚硝酸氮 亚硝酸盐可降低水产养殖动物利用溶氧能力，导致水产养殖动物非缺氧“浮头”。、养殖后期池底“偷死症”、“黄鳃”、“黑鳃”症等发生很多情况与水厂养殖动物亚硝酸盐中毒有关。有文献表明亚硝酸盐是水产养殖的主要致病根源。
3. 有机物 养殖水体中的有机物主要有残饵、浮游生物的代谢产物及水产养殖动物的排泄物分解产生，水体有机物含量过高会造成水质恶化，导致水产养殖生长缓慢，水质恶化、泛池等现象，有资料表明COD过高是引起传染性疾病发生的原因之一，当COD长时间超过13ppm极易引起对虾病毒性疾病。
4. 硫化氢 硫化氢主要是由水体中硫酸盐、亚硝酸盐等在微生物特别是脱硫弧菌的作用下进行还原为硫化氢，以及含硫有机物在厌氧菌的作用下，降解形成硫化氢，而硫化氢会造成水产养殖动物无知缺氧引起死忙。

底质恶化的原因及危害
1.清塘不彻底 常见的原因有晒塘时间过短；池塘底部淤泥较厚；清塘处理方法及使用的药品种类或用药方法不当等原因造成。具体表现为养殖过程早期水质难调、水色不稳定、苗种长速度缓慢、应激反应高，水体理化因子不稳定；养殖中期由于天气变化，出现水质过瘦或过肥，严重时出现“倒藻”，池塘中大量泛起丝状藻、兰藻或泥皮；养殖后期水质过肥底质恶化、黑化、发臭、对虾大面积泛塘浮头。整个养殖过程鱼、虾、蟹发病率高发病早，养殖成本增高，养殖危险性大幅提高，产量降低甚至绝收。
2.池底恶化、导致池塘底质缺氧（氧债） 在高密度养殖条件下，养殖过程中需要投喂大量的优质饲料，由于养殖技术等方面的原因导致部分饲料没有被完全摄食，以残饵的形式沉积在塘底，加上粪便、死亡的藻类等沉积，造成塘底有机物大量沉积而使塘底出现恶化现象。这些有机物堆积在塘底不但产生各种有害物质，同事还要消耗大量的塘底氧气，（据统计，有机物耗氧量占水体总溶氧的35%-45%）。塘底缺氧是造成水质恶化，鱼虾蟹浮头的根本原因。
3.水体有毒物质大大增加 池塘底部缺氧，厌氧细菌大量繁殖，分解塘底的有机废物而产生大量的有毒中间产物。如氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、甲烷等，这些有毒物对鱼、虾、蟹有很大的毒害作用，它们在水中不断积累，轻则会影响鱼虾蟹的生长，使饵料系数增大，养殖成本升高，重则引起鱼虾蟹中毒泛塘和死亡，造成巨大的损失。